Índices etnobotánicos

XII Congreso Colombiano de Botánica

Álex Espinosa Correa

Universidad de Antioquia

Bladimir Vera Marín

Universidad de Antioquia

Proposito

  • Enseñar la obtención de los principales índices etnobotánicos

ethnobotanyR

ethnobotanyR proporciona una plataforma fácil de usar para que los etnobotánicos trabajen con evaluaciones cuantitativas de etnobotánica. Cuenta con un conjunto de funcionen que proporcionan muchos de los principales indices etnobotánicos. Aunque utiliza funciones del tidyverse, no sigue completamente los conceptos de este.

Una de las principales diferencias es en la forma en que han de estar organizados los datos.

ethnobotanyR::ethnobotanydata |> 
  dplyr::glimpse()
Rows: 80
Columns: 12
$ informant <fct> inform_a, inform_a, inform_a, inform_a, inform_b, inform_b, …
$ sp_name   <fct> sp_a, sp_b, sp_c, sp_d, sp_a, sp_b, sp_c, sp_d, sp_a, sp_b, …
$ Use_1     <int> 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, …
$ Use_2     <int> 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, …
$ Use_3     <int> 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, …
$ Use_4     <int> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, …
$ Use_5     <int> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, …
$ Use_6     <int> 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, …
$ Use_7     <int> 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, …
$ Use_8     <int> 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, …
$ Use_9     <int> 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, …
$ Use_10    <int> 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, …

Importando los datos

Habiendo explorado nuestros datos, podemos proceder con más análisis.

clean_data <- 
  readr::read_csv(
    "proccesed-data/proccesed_data.csv"
  )

clean_data
# A tibble: 276 × 26
   nombre_comun familia genero especie sexo  generacion conocedor  edad mezclada
   <chr>        <chr>   <chr>  <chr>   <chr> <chr>      <chr>     <dbl>    <dbl>
 1 Curibano     Acanth… Justi… Justic… F     J          J13          15        0
 2 Penicilina   Acanth… Justi… Justic… F     J          J5           15        0
 3 Penicilina   Acanth… Justi… Justic… F     J          J7           15        0
 4 Penicilina   Acanth… Justi… Justic… F     J          J8           15        0
 5 Penicilina   Acanth… Justi… Justic… F     J          J9           16        1
 6 Penicilina   Acanth… Justi… Justic… F     J          J10          15        0
 7 Genciano     Acanth… Thunb… Thunbe… F     J          J6           16        1
 8 Genciano     Acanth… Thunb… Thunbe… F     J          J7           15        1
 9 Genciano     Acanth… Thunb… Thunbe… F     J          J8           15        0
10 Genciano     Acanth… Thunb… Thunbe… F     J          J9           16        0
# ℹ 266 more rows
# ℹ 17 more variables: cultivada <dbl>, h <dbl>, t <dbl>, fl <dbl>, fr <dbl>,
#   r <dbl>, sem <dbl>, lat <dbl>, al_h <dbl>, me <dbl>, orn <dbl>, fi <dbl>,
#   al_a <dbl>, am <dbl>, uc <dbl>, com <dbl>, otr <dbl>

Preparando los datos

Crearemos dos objectos: index_data y taxonomy_data. Con el primero estimaremos los índices y el segundo lo utilizaremos para la creación de tablas.

ethnobotanyR requiere que la variable donde están los conocedores se llame informant y donde están las especies se llame sp_name. El resto son las variables etnobotánicas sobre las que queremos realizar las estimaciones.

index_data <-
  clean_data |>
  dplyr::select(
    informant = conocedor,
    sp_name = especie,
    al_h:otr
  )

A partir de los datos procesados clean-data, obtenedremos la familia, genero, especie y nombre común de cada una de las especies.

taxonomy_data <-
  clean_data |>
  dplyr::select(
    nombre_comun:especie
  ) |>
  dplyr::relocate(
    nombre_comun,
    .after = especie
  ) |>
  dplyr::distinct()

Índices Etnobotánicos

Los índices etnobotánicos cuantifican y analizan el conocimiento tradicional de las plantas en comunidades indígenas o tradicionales. Estas herramientas permiten evaluar aspectos como la diversidad de especies, el uso medicinal y la importancia cultural de las plantas. Ejemplos incluyen el Índice de Importancia Cultural y el Índice de Fidelidad de Uso.

Uso reportado por especie (URs)

El Uso Reportado por Especie (URs) cuantifica la importancia de una planta en una comunidad, basada en los usos reportados por sus miembros. Este índice mide el conocimiento y uso tradicional de una especie en categorías como medicinal, alimentaria, ceremonial o constructiva. URs se calcula sumando los usos mencionados por cada informante para cada categoría de uso en la especie.

\[ UR_{s} = \sum_{u=u_1}^{^uNC} \sum_{i=i_1}^{^iN} UR_{ui} \]

use_report_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::URs()

use_report_index
                      sp_name URs
1           Allium fistulosum  23
2           Brassica oleracea  19
3         Cymbopogon citratus  17
4              Tagetes patula  17
5           Sambucus mexicana  16
6       Calendula officinalis  15
7     Lycopersicon esculentum  15
8              Mentha spicata  15
9         Melissa officinalis  13
10             Plantago major  13
11        Urtica ballotifolia  13
12       Achillea millefolium  10
13      Taraxacum dens-leonis  10
14          Justicia adhatoda   9
15           Phyla scaberrima   9
16 Stachytarpheta cayennensis   9
17      Trichanthera gigantea   8
18    Alternanthera pubiflora   7
19              Bidens pilosa   7
20         Borago officinalis   7
21       Impatiens walleriana   7
22           Lippia americana   7
23          Cnicus benedictus   6
24           Thunbergia alata   6
25          Verbena litoralis   6
26       Symphytum officinale   5
27      Jacaranda mimosifolia   4
28            Mentha piperita   4
29        Mentha rotundifolia   4
30           Malva parviflora   3
31        Ageratum conyzoides   2
32           Ocimum basilicum   2
33        Polygonum punctatum   2
34         Portulaca oleracea   2
35        Justicia pectoralis   1
36      Matricaria chamomilla   1

Índice de Importancia Cultural (CI)

El índice de importancia cultural (CI) indica la relevancia de una especie para un grupo cultural. Este índice se calcula dividiendo el uso reportado por especie (URs) entre el número de informantes, mostrando la diversidad de usos de la especie.

\[ CI_{s} = \sum_{u=u_1}^{^uNC} \sum_{i=i_1}^{^iN} UR_{ui/N} \]

cultural_importance_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::CIs()

cultural_importance_index
                      sp_name    CI
1           Allium fistulosum 0.958
2           Brassica oleracea 0.792
3         Cymbopogon citratus 0.708
4              Tagetes patula 0.708
5           Sambucus mexicana 0.667
6       Calendula officinalis 0.625
7     Lycopersicon esculentum 0.625
8              Mentha spicata 0.625
9         Melissa officinalis 0.542
10             Plantago major 0.542
11        Urtica ballotifolia 0.542
12       Achillea millefolium 0.417
13      Taraxacum dens-leonis 0.417
14          Justicia adhatoda 0.375
15           Phyla scaberrima 0.375
16 Stachytarpheta cayennensis 0.375
17      Trichanthera gigantea 0.333
18    Alternanthera pubiflora 0.292
19              Bidens pilosa 0.292
20         Borago officinalis 0.292
21       Impatiens walleriana 0.292
22           Lippia americana 0.292
23          Cnicus benedictus 0.250
24           Thunbergia alata 0.250
25          Verbena litoralis 0.250
26       Symphytum officinale 0.208
27      Jacaranda mimosifolia 0.167
28            Mentha piperita 0.167
29        Mentha rotundifolia 0.167
30           Malva parviflora 0.125
31        Ageratum conyzoides 0.083
32           Ocimum basilicum 0.083
33        Polygonum punctatum 0.083
34         Portulaca oleracea 0.083
35        Justicia pectoralis 0.042
36      Matricaria chamomilla 0.042

Frecuencia de Citación por especie (FC)

Este índice suma la frecuencia de citación de cada especie en las comunidades evaluadas, indicando cuántos informantes mencionan el uso de una especie.

\[ FC_s = \sum_{i=i_1}^{^iN}{UR_i} \]

frequency_citation_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::FCs()

frequency_citation_index
                      sp_name FCs
1           Allium fistulosum  23
2           Brassica oleracea  17
3              Tagetes patula  17
4       Calendula officinalis  15
5     Lycopersicon esculentum  14
6              Mentha spicata  13
7           Sambucus mexicana  13
8         Urtica ballotifolia  13
9         Cymbopogon citratus  12
10             Plantago major  12
11      Taraxacum dens-leonis   9
12       Achillea millefolium   8
13        Melissa officinalis   8
14    Alternanthera pubiflora   7
15              Bidens pilosa   7
16       Impatiens walleriana   7
17 Stachytarpheta cayennensis   7
18      Trichanthera gigantea   7
19         Borago officinalis   6
20          Cnicus benedictus   6
21           Lippia americana   6
22           Phyla scaberrima   6
23           Thunbergia alata   6
24          Verbena litoralis   6
25          Justicia adhatoda   5
26            Mentha piperita   4
27        Mentha rotundifolia   4
28       Symphytum officinale   4
29      Jacaranda mimosifolia   3
30           Malva parviflora   2
31           Ocimum basilicum   2
32        Polygonum punctatum   2
33         Portulaca oleracea   2
34        Ageratum conyzoides   1
35        Justicia pectoralis   1
36      Matricaria chamomilla   1

Número de usos por especie (NU)

Este índice relaciona cada especie registrada con las diversas categorías de uso documentadas por el investigador.

\[ NU_s = \sum_{u=u_1}^{^uNC} \]

number_uses_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::NUs()

number_uses_index
                      sp_name NUs
1        Achillea millefolium   3
2        Impatiens walleriana   3
3         Melissa officinalis   3
4         Mentha rotundifolia   3
5              Mentha spicata   3
6            Phyla scaberrima   3
7  Stachytarpheta cayennensis   3
8        Symphytum officinale   3
9              Tagetes patula   3
10           Thunbergia alata   3
11      Trichanthera gigantea   3
12        Urtica ballotifolia   3
13        Ageratum conyzoides   2
14         Borago officinalis   2
15          Brassica oleracea   2
16      Calendula officinalis   2
17        Cymbopogon citratus   2
18      Jacaranda mimosifolia   2
19          Justicia adhatoda   2
20           Lippia americana   2
21    Lycopersicon esculentum   2
22           Malva parviflora   2
23             Plantago major   2
24          Sambucus mexicana   2
25      Taraxacum dens-leonis   2
26          Verbena litoralis   2
27          Allium fistulosum   1
28    Alternanthera pubiflora   1
29              Bidens pilosa   1
30          Cnicus benedictus   1
31        Justicia pectoralis   1
32      Matricaria chamomilla   1
33            Mentha piperita   1
34           Ocimum basilicum   1
35        Polygonum punctatum   1
36         Portulaca oleracea   1

Índice de Frecuencia Relativa de Citación (RFC)

Este índice mide la frecuencia de citación de cada especie en el área de estudio. Relaciona la cantidad de citas de cada especie con el total de usos mencionados por todos los informantes encuestados.

\[ RFC_s = \frac{FC_s}{N} = \frac{\sum_{i=i_1}^{^iN} UR_i}{N} \]

relative_frequency_citation_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::RFCs()

relative_frequency_citation_index
                      sp_name  RFCs
1           Allium fistulosum 0.958
2           Brassica oleracea 0.708
3              Tagetes patula 0.708
4       Calendula officinalis 0.625
5     Lycopersicon esculentum 0.583
6              Mentha spicata 0.542
7           Sambucus mexicana 0.542
8         Urtica ballotifolia 0.542
9         Cymbopogon citratus 0.500
10             Plantago major 0.500
11      Taraxacum dens-leonis 0.375
12       Achillea millefolium 0.333
13        Melissa officinalis 0.333
14    Alternanthera pubiflora 0.292
15              Bidens pilosa 0.292
16       Impatiens walleriana 0.292
17 Stachytarpheta cayennensis 0.292
18      Trichanthera gigantea 0.292
19         Borago officinalis 0.250
20          Cnicus benedictus 0.250
21           Lippia americana 0.250
22           Phyla scaberrima 0.250
23           Thunbergia alata 0.250
24          Verbena litoralis 0.250
25          Justicia adhatoda 0.208
26            Mentha piperita 0.167
27        Mentha rotundifolia 0.167
28       Symphytum officinale 0.167
29      Jacaranda mimosifolia 0.125
30           Malva parviflora 0.083
31           Ocimum basilicum 0.083
32        Polygonum punctatum 0.083
33         Portulaca oleracea 0.083
34        Ageratum conyzoides 0.042
35        Justicia pectoralis 0.042
36      Matricaria chamomilla 0.042

Índice de Importancia Relativa (RI)

Este índice combina la frecuencia relativa de citación de las especies citadas por encima del valor máximo (RFCs(max)) con el número relativo de usos de estas especies sobre el valor máximo (RNUs(max)).

\[ RI_s = \frac{RFC_{s(max)}+RNU_{s(max)}}{2} \]

relative_importance_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::RIs()

relative_importance_index
                      sp_name   RIs
1              Tagetes patula 0.870
2              Mentha spicata 0.783
3         Urtica ballotifolia 0.783
4           Brassica oleracea 0.703
5        Achillea millefolium 0.674
6         Melissa officinalis 0.674
7           Allium fistulosum 0.667
8       Calendula officinalis 0.659
9        Impatiens walleriana 0.652
10 Stachytarpheta cayennensis 0.652
11      Trichanthera gigantea 0.652
12    Lycopersicon esculentum 0.638
13           Phyla scaberrima 0.630
14           Thunbergia alata 0.630
15          Sambucus mexicana 0.616
16        Cymbopogon citratus 0.594
17             Plantago major 0.594
18        Mentha rotundifolia 0.587
19       Symphytum officinale 0.587
20      Taraxacum dens-leonis 0.529
21         Borago officinalis 0.464
22           Lippia americana 0.464
23          Verbena litoralis 0.464
24          Justicia adhatoda 0.442
25      Jacaranda mimosifolia 0.399
26           Malva parviflora 0.377
27        Ageratum conyzoides 0.355
28    Alternanthera pubiflora 0.319
29              Bidens pilosa 0.319
30          Cnicus benedictus 0.297
31            Mentha piperita 0.254
32           Ocimum basilicum 0.210
33        Polygonum punctatum 0.210
34         Portulaca oleracea 0.210
35        Justicia pectoralis 0.188
36      Matricaria chamomilla 0.188

Índice de Valor de Uso

Este índice calcula el número de usos distintos (Ui) mencionados por cada informante en relación con el total de informantes entrevistados (N).

\[ UV_{s} = \sum_{i=i_1}^{^iN} \sum_{u=u_1}^{^uNC} UR_{ui/N} \]

\[ UV_{s} = \sum U_i/N \]

use_value_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::UVs()

use_value_index
                      sp_name    UV
1           Allium fistulosum 0.958
2           Brassica oleracea 0.792
3         Cymbopogon citratus 0.708
4              Tagetes patula 0.708
5           Sambucus mexicana 0.667
6       Calendula officinalis 0.625
7     Lycopersicon esculentum 0.625
8              Mentha spicata 0.625
9         Melissa officinalis 0.542
10             Plantago major 0.542
11        Urtica ballotifolia 0.542
12       Achillea millefolium 0.417
13      Taraxacum dens-leonis 0.417
14          Justicia adhatoda 0.375
15           Phyla scaberrima 0.375
16 Stachytarpheta cayennensis 0.375
17      Trichanthera gigantea 0.333
18    Alternanthera pubiflora 0.292
19              Bidens pilosa 0.292
20         Borago officinalis 0.292
21       Impatiens walleriana 0.292
22           Lippia americana 0.292
23          Cnicus benedictus 0.250
24           Thunbergia alata 0.250
25          Verbena litoralis 0.250
26       Symphytum officinale 0.208
27      Jacaranda mimosifolia 0.167
28            Mentha piperita 0.167
29        Mentha rotundifolia 0.167
30           Malva parviflora 0.125
31        Ageratum conyzoides 0.083
32           Ocimum basilicum 0.083
33        Polygonum punctatum 0.083
34         Portulaca oleracea 0.083
35        Justicia pectoralis 0.042
36      Matricaria chamomilla 0.042

Valor Cultural de las Ethnoespecies (CVe)

Este índice mide la relevancia cultural, práctica y económica de las especies.

  • UCe: Número de usos reportados para las etnoespecies, dividido por el total de - usos posibles de cada etnoespecie en el estudio.
  • ICe: Proporción de informantes que consideran útiles las etnoespecies, respecto al - total de informantes.
  • IUce: Proporción de informantes que mencionan cada uso de las etnoespecies, respecto al total de informantes

\[ CV_{e} = {Uc_{e}} \cdot{IC_{e}} \cdot \sum {IUc_{e}} \]

cultural_value_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::CVe()

cultural_value_index
                      sp_name   CVe
1              Tagetes patula 0.167
2           Brassica oleracea 0.125
3              Mentha spicata 0.113
4           Allium fistulosum 0.102
5         Urtica ballotifolia 0.098
6       Calendula officinalis 0.087
7     Lycopersicon esculentum 0.081
8           Sambucus mexicana 0.080
9         Cymbopogon citratus 0.079
10        Melissa officinalis 0.060
11             Plantago major 0.060
12       Achillea millefolium 0.046
13 Stachytarpheta cayennensis 0.036
14      Taraxacum dens-leonis 0.035
15      Trichanthera gigantea 0.032
16           Phyla scaberrima 0.031
17       Impatiens walleriana 0.028
18           Thunbergia alata 0.021
19          Justicia adhatoda 0.017
20         Borago officinalis 0.016
21           Lippia americana 0.016
22          Verbena litoralis 0.014
23       Symphytum officinale 0.012
24    Alternanthera pubiflora 0.009
25              Bidens pilosa 0.009
26        Mentha rotundifolia 0.009
27          Cnicus benedictus 0.007
28      Jacaranda mimosifolia 0.005
29            Mentha piperita 0.003
30           Malva parviflora 0.002
31        Ageratum conyzoides 0.001
32           Ocimum basilicum 0.001
33        Polygonum punctatum 0.001
34         Portulaca oleracea 0.001
35        Justicia pectoralis 0.000
36      Matricaria chamomilla 0.000

Nivel de Fidelidad por Especie

Este índice calcula el porcentaje de informantes que usan una planta para un propósito específico en relación con todos los usos registrados para todas las plantas. Este índice compara el número de informantes que asignan un uso particular a una planta con el total de usos registrados para esa especie.

\[ FL_{s} = \frac {N_{s}*100}{FC_{s}} \]

fidelity_level_index <-
  index_data |>
  ethnobotanyR::FLs()

fidelity_level_index
                      sp_name Primary.use    FLs
1        Achillea millefolium          me  37.50
2        Achillea millefolium         orn  37.50
3        Achillea millefolium          uc  50.00
4         Ageratum conyzoides        al_h 100.00
5         Ageratum conyzoides          me 100.00
6           Allium fistulosum        al_h 100.00
7     Alternanthera pubiflora          me 100.00
8               Bidens pilosa          me 100.00
9          Borago officinalis         orn  83.33
10         Borago officinalis          uc  33.33
11          Brassica oleracea        al_h 100.00
12          Brassica oleracea          me  11.76
13      Calendula officinalis          me  73.33
14      Calendula officinalis         orn  26.67
15          Cnicus benedictus          me 100.00
16        Cymbopogon citratus        al_h  41.67
17        Cymbopogon citratus          me 100.00
18       Impatiens walleriana          me  28.57
19       Impatiens walleriana         orn  57.14
20       Impatiens walleriana          uc  14.29
21      Jacaranda mimosifolia        al_h  33.33
22      Jacaranda mimosifolia          me 100.00
23          Justicia adhatoda        al_h  80.00
24          Justicia adhatoda          me 100.00
25        Justicia pectoralis        al_h 100.00
26           Lippia americana        al_h  33.33
27           Lippia americana          me  83.33
28    Lycopersicon esculentum        al_h 100.00
29    Lycopersicon esculentum          me   7.14
30           Malva parviflora        al_h  50.00
31           Malva parviflora          me 100.00
32      Matricaria chamomilla          me 100.00
33        Melissa officinalis        al_h  62.50
34        Melissa officinalis          me  87.50
35        Melissa officinalis         orn  12.50
36            Mentha piperita        al_h 100.00
37        Mentha rotundifolia        al_h  25.00
38        Mentha rotundifolia          me  25.00
39        Mentha rotundifolia          uc  50.00
40             Mentha spicata        al_h  53.85
41             Mentha spicata          me  38.46
42             Mentha spicata          uc  23.08
43           Ocimum basilicum          me 100.00
44           Phyla scaberrima        al_h  50.00
45           Phyla scaberrima          me  83.33
46           Phyla scaberrima          uc  16.67
47             Plantago major        al_h  16.67
48             Plantago major          me  91.67
49        Polygonum punctatum          me 100.00
50         Portulaca oleracea          me 100.00
51          Sambucus mexicana        al_h  30.77
52          Sambucus mexicana          me  92.31
53 Stachytarpheta cayennensis        al_h  28.57
54 Stachytarpheta cayennensis          me  85.71
55 Stachytarpheta cayennensis          uc  14.29
56       Symphytum officinale          me  25.00
57       Symphytum officinale        al_a  50.00
58       Symphytum officinale         otr  50.00
59             Tagetes patula          me  52.94
60             Tagetes patula         orn  41.18
61             Tagetes patula          uc   5.88
62      Taraxacum dens-leonis        al_h  11.11
63      Taraxacum dens-leonis          me 100.00
64           Thunbergia alata          me  50.00
65           Thunbergia alata         orn  16.67
66           Thunbergia alata         com  33.33
67      Trichanthera gigantea        al_h  14.29
68      Trichanthera gigantea          me  57.14
69      Trichanthera gigantea        al_a  42.86
70        Urtica ballotifolia          me  53.85
71        Urtica ballotifolia         orn   7.69
72        Urtica ballotifolia          uc  38.46
73          Verbena litoralis         orn  16.67
74          Verbena litoralis          uc  83.33

Un tabla para gobernarlos a todos

Una de las formas de presentar los datos es en tablas. Realicemos una usando flextable.

index_result <-
  taxonomy_data |>
  dplyr::rename(
    "sp_name" = especie
  ) |>
  dplyr::full_join(
    use_report_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    cultural_importance_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    frequency_citation_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    number_uses_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    relative_frequency_citation_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    relative_importance_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    use_value_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::full_join(
    cultural_value_index,
    by = "sp_name"
  ) |>
  dplyr::arrange(
    familia
  )

index_result

Un tabla para gobernarlos a todos

# A tibble: 36 × 12
   familia genero sp_name nombre_comun   URs    CI   FCs   NUs  RFCs   RIs    UV
   <chr>   <chr>  <chr>   <chr>        <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
 1 Acanth… Justi… Justic… Curibano         1 0.042     1     1 0.042 0.188 0.042
 2 Acanth… Justi… Justic… Penicilina       9 0.375     5     2 0.208 0.442 0.375
 3 Acanth… Thunb… Thunbe… Genciano         6 0.25      6     3 0.25  0.63  0.25 
 4 Acanth… Trich… Tricha… Quiebra bar…     8 0.333     7     3 0.292 0.652 0.333
 5 Amaran… Alter… Altern… Abrojo           7 0.292     7     1 0.292 0.319 0.292
 6 Amaryl… Allium Allium… Cebolla de …    23 0.958    23     1 0.958 0.667 0.958
 7 Astera… Achil… Achill… Tol de novia    10 0.417     8     3 0.333 0.674 0.417
 8 Astera… Agera… Agerat… Manrrubio        2 0.083     1     2 0.042 0.355 0.083
 9 Astera… Bidens Bidens… Masequia         7 0.292     7     1 0.292 0.319 0.292
10 Astera… Calen… Calend… Calendula       15 0.625    15     2 0.625 0.659 0.625
# ℹ 26 more rows
# ℹ 1 more variable: CVe <dbl>

Hay tabla

tbl_index_result <-
  index_result |>
  dplyr::select(
    !genero
  ) |>
  flextable::flextable() |>
  flextable::labelizor(
    part = "header",
    labels = c(
      familia = "Familia",
      # genero = "Género",
      sp_name = "Especie",
      nombre_comun = "Nombre común",
      URs = "Usos\nReportados (UR)",
      CI = "Importancia\nCultural (CI)",
      FCs = "Frecuencia de\nCitacion (FC)",
      NUs = "Número\nde usos (NU)",
      RFCs = "Frecuencia\nRelativa de\nCitación (RFCs)",
      RIs = "Importancia\nRelativa (RI)",
      UV = "Valor de\nUso (UV)",
      CVe = "Valor\nCultura (CV)"
    )
  ) |>
  flextable::theme_apa() |>
  flextable::mk_par(
    j = c("sp_name"),
    value = flextable::as_paragraph(flextable::as_i(sp_name))
  ) |>
  flextable::merge_v(
    j = c("familia")
  ) |>
  flextable::colformat_num(
    j = c("URs", "FCs", "NUs"),
    big.mark = ""
  ) |>
  flextable::autofit()

tbl_index_result

Hay tabla

Tabla 1

Familia

Especie

Nombre común

Usos
Reportados (UR)

Importancia
Cultural (CI)

Frecuencia de
Citacion (FC)

Número
de usos (NU)

Frecuencia
Relativa de
Citación (RFCs)

Importancia
Relativa (RI)

Valor de
Uso (UV)

Valor
Cultura (CV)

Acanthaceae

Justicia pectoralis

Curibano

1

0.04

1

1

0.04

0.19

0.04

0.00

Justicia adhatoda

Penicilina

9

0.38

5

2

0.21

0.44

0.38

0.02

Thunbergia alata

Genciano

6

0.25

6

3

0.25

0.63

0.25

0.02

Trichanthera gigantea

Quiebra barrigo

8

0.33

7

3

0.29

0.65

0.33

0.03

Amaranthaceae

Alternanthera pubiflora

Abrojo

7

0.29

7

1

0.29

0.32

0.29

0.01

Amaryllidaceae

Allium fistulosum

Cebolla de rama

23

0.96

23

1

0.96

0.67

0.96

0.10

Asteraceae

Achillea millefolium

Tol de novia

10

0.42

8

3

0.33

0.67

0.42

0.05

Ageratum conyzoides

Manrrubio

2

0.08

1

2

0.04

0.35

0.08

0.00

Bidens pilosa

Masequia

7

0.29

7

1

0.29

0.32

0.29

0.01

Calendula officinalis

Calendula

15

0.62

15

2

0.62

0.66

0.62

0.09

Cnicus benedictus

Cardo santo

6

0.25

6

1

0.25

0.30

0.25

0.01

Matricaria chamomilla

Manzanilla

1

0.04

1

1

0.04

0.19

0.04

0.00

Tagetes patula

Rosa amarilla

17

0.71

17

3

0.71

0.87

0.71

0.17

Taraxacum dens-leonis

Chicoria

10

0.42

9

2

0.38

0.53

0.42

0.04

Balsaminaceae

Impatiens walleriana

Caracucho

7

0.29

7

3

0.29

0.65

0.29

0.03

Bignoniaceae

Jacaranda mimosifolia

Gualanday

4

0.17

3

2

0.12

0.40

0.17

0.01

Boraginaceae

Symphytum officinale

Cofrey

5

0.21

4

3

0.17

0.59

0.21

0.01

Borago officinalis

Borraja

7

0.29

6

2

0.25

0.46

0.29

0.02

Brassicaceae

Brassica oleracea

Col

19

0.79

17

2

0.71

0.70

0.79

0.12

Lamiaceae

Melissa officinalis

Toronjil

13

0.54

8

3

0.33

0.67

0.54

0.06

Mentha piperita

Menta piperita

4

0.17

4

1

0.17

0.25

0.17

0.00

Mentha rotundifolia

Menta guatavita

4

0.17

4

3

0.17

0.59

0.17

0.01

Mentha spicata

Hierba buena

15

0.62

13

3

0.54

0.78

0.62

0.11

Ocimum basilicum

Albahaca

2

0.08

2

1

0.08

0.21

0.08

0.00

Malvaceae

Malva parviflora

Malva

3

0.12

2

2

0.08

0.38

0.12

0.00

Plantaginaceae

Plantago major

Yanten

13

0.54

12

2

0.50

0.59

0.54

0.06

Poaceae

Cymbopogon citratus

Limoncillo

17

0.71

12

2

0.50

0.59

0.71

0.08

Polygonaceae

Polygonum punctatum

Barbasco

2

0.08

2

1

0.08

0.21

0.08

0.00

Portulacaceae

Portulaca oleracea

Verdolaga

2

0.08

2

1

0.08

0.21

0.08

0.00

Solanaceae

Lycopersicon esculentum

Tomatera

15

0.62

14

2

0.58

0.64

0.62

0.08

Urticaceae

Urtica ballotifolia

Ortiga

13

0.54

13

3

0.54

0.78

0.54

0.10

Verbenaceae

Lippia americana

Pronto alivio

7

0.29

6

2

0.25

0.46

0.29

0.02

Phyla scaberrima

Orozul

9

0.38

6

3

0.25

0.63

0.38

0.03

Stachytarpheta cayennensis

Verbena negra

9

0.38

7

3

0.29

0.65

0.38

0.04

Verbena litoralis

Verbena blanca

6

0.25

6

2

0.25

0.46

0.25

0.01

Virbuneaceae

Sambucus mexicana

Sauco

16

0.67

13

2

0.54

0.62

0.67

0.08

Gráficar los índices

https://xkcd.com/1945/

https://xkcd.com/1967/

Gráficos circulares

Estos diagramas normalmente son usados para definir la relación entre los diferentes usos y las especies que se registran en la investigación. En estaclase de digramas también se puede observar la relación de los informantes y las diferentes categorías de uso registradas.

ethnobotanyR::ethnoChord(
  index_data,
  by = "informant"
)

Gráficos circulares

Gráfico de Lluvia

Esta clase de gráficos evidencia la relación entre los diferentes usos, las especies registradas y los informantes participantes de la investigación etnobotánica.

ethnobotanyR::ethno_alluvial necesita dos elementos para poder funcionar: una paleta de colores con igual número de colores que de especies y correct internal assignment for stat = “stratum”

vector_paleta_colores <-
  randomcoloR::distinctColorPalette(
    k = index_data |>  dplyr::select(sp_name) |> dplyr::n_distinct()
  )

# correct internal assignment for stat = "stratum"
StatStratum <- ggalluvial::StatStratum

Gráfico de Lluvia

fig_ethno_alluvial <-
  ethnobotanyR::ethno_alluvial(
    index_data,
    alpha = 0.2,
    colors = vector_paleta_colores
  ) +
  ggplot2::theme(
    legend.position = "none"
  ) +
  ggplot2::geom_label(
    stat = "stratum",
    ggplot2::aes(label = ggplot2::after_stat(stratum))
  )

fig_ethno_alluvial

Gráfico de Lluvia

Actividad

  • Crear un documento .qmd en la carpeta analisis-01
  • Estimar los índices etnobotánicos a partir de los datos que se encuentran processed_data
  • Gráficar los índices



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