05:00
XII Congreso Colombiano de Botánica
Universidad de Antioquia
Universidad de Antioquia
05:00
https://github.com/geobota/etnobotanica-workshop.git
etnobotanica-workshop.Rproj
05:00
Quarto es un sistema open-source de publicación técnica y científica. Quarto es una interfaz de línea de comandos (CLI) que convierte formatos de texto plano (.qmd, .rmd, .md) o formatos mixtos (.ipynb/Jupyter notebook) en documentos estaticos o interactivos.
Quarto permite combinar en un mismo entorno texto y código para producir resultados elegantemente formateados como documentos, páginas web, entradas de blog, libros y más.
What you see is what you get: lo que ves es lo que hay
---
title: "ggplot2 demo"
author: "Norah Jones"
date: "5/22/2021"
format:
html:
fig-width: 8
fig-height: 4
code-fold: true
---
## Air Quality
@fig-airquality further explores the impact of temperature on ozone level.
```{r}
#| label: fig-airquality
#| fig-cap: "Temperature and ozone level."
#| warning: false
library(ggplot2)
ggplot(airquality, aes(Temp, Ozone)) +
geom_point() +
geom_smooth(method = "loess")
```
What you see is what you mean: lo que ves es lo que quieres decir
Aplicación que proporciona servicios integrales para facilitar el desarrollo de software.
Integrated development environment: entorno de desarrollo integrado
library(quarto)
quarto::quarto_render(input = "documento.qmd") # html por defecto
quarto::quarto_render(input = "documento.qmd", output_format = "pdf")
pinguinos.qmd
que se encuentra en la carpeta intro-quarto
.05:00
.qmd
Los archivos de Quarto (.qmd
) son archivos de texto plano conformado por:
«Yet Another Markup Language» o “YAML Ain’t Markup Language” se utiliza para proporcionar metadatos a nivel de documento o proyecto.
---
key:
y value
Markdown es un formato de texto plano creado por John Gruber y Aaron Swartz, está diseñado para ser fácil de escribir y fácil de leer. Quarto se basa en Pandoc y utiliza su variante de Markdown, la cual es una versión ampliada y ligeramente revisada de la sintaxis Markdown de John Gruber.
Un documento con formato Markdown debería poder publicarse tal cual, como texto sin formato, sin que parezca que ha sido marcado con etiquetas o instrucciones de formato. John Gruber
En Quarto se puede agregar texto en diferentes formatos.
Markdown | Salida |
---|---|
|
cursiva |
|
negrilla |
|
cursiva y negrilla |
|
superíndice2 |
|
subíndice2 |
|
|
|
código puro |
En Markdown los párrafos se construyen dejando una linea en blanco. De lo contrario, el salto de línea se trata como un espacio.
En Quarto se pueden agregar hasta seis niveles de encabezados o títulos.
Markdown | Salida |
---|---|
|
Encabezado 1 |
|
Encabezado 2 |
|
Encabezado 3 |
|
Encabezado 4 |
|
Encabezado 5 |
|
Encabezado 6 |
Para los elementos de una lista desordenada se puede utilizar: *
, -
, o +
.
La sintaxis para agregar enlaces e imágenes e relativamente similar.
Markdown | Output |
---|---|
https://quarto.org | |
Quarto | |
Quarto incluye características destinadas a facilitar la creación y personalización de tablas: especificar la alineación y el ancho de las columnas; proporcionar títulos y referencias cruzadas; generar tablas a partir de código. En Markdown las tablas pueden ser pipe tables o grid tables. Las tablas se pueden construir usando el Editor Visual o generadores https://www.tablesgenerator.com
Por defecto | Izquierda | Derecha | Centro |
---|---|---|---|
12 | 12 | 12 | 12 |
123 | 123 | 123 | 123 |
1 | 1 | 1 | 1 |
Fruta | Precio | Ventajas |
---|---|---|
Banano | $1.34 |
|
Las referencias cruzadas facilitan a los lectores la navegación por el documento proporcionando referencias numeradas e hipervínculos a diversas entidades, como figuras y tablas. Toda entidad con la que se puedan establecer referencias cruzadas requiere una etiqueta (fig-
y tbl-
), un identificador único precedido de un tipo de referencia cruzada (fig-elemento
y tbl-elemento
).
![Istopipo de Quarto](images/quarto_logo.png){#fig-quarto}
La @fig-quarto muestra el isotipo de Quarto.
La Figura 1 muestra el isotipo de Quarto.
Quarto tiene algunos prefijos reservados: fig
, tbl
, lst
, tip
, nte
, wrn
, imp
, cau
, thm
, lem
, cor
, prp
, cnj
, def
, exm
, exr
, sol
, rem
, eq
, sec
.
Es recomendable evitar el uso de guiones bajos _
.
Quarto utiliza Pandoc para generar automáticamente citas y una bibliografía en varios estilos. Es necesario tener:
Un documento Quarto formateado con citas.
Una fuente de datos bibliográficos, por ejemplo un archivo BibLaTeX (.bib) o BibTeX (.bibtex).
Opcionalmente, un archivo CSL que especifique el formato a utilizar al generar las citas y la bibliografía.
El conjunto de datos flor Iris fue tomado por @anderson1936 y popularizado
posteriormente [@fisher1936]. El conjunto de datos contiene 150 muestras de
tres especies [@anderson1936; @fisher1936].
El conjunto de datos flor Iris fue tomado por Anderson (1936) y popularizado posteriormente (Fisher 1936). El conjunto de datos contiene 150 muestras de tres especies (Anderson 1936; Fisher 1936).
pinguinos.qmd
15:00
En Quarto el código puede insertarse en linea o como bloques de código (conocidos como chunks). Los chunks siempre se encuentran entre ```
, mientras el código en linea se encuentra entre `
. Para que el código sea ejecutable se ha de poner el nombre del lenguaje entre {}
, ej. {r}
. Si sólo se pone el nombre del lenguaje, el código no se ejecutará y se resaltará la sintaxis del lenguaje. Los chunks pueden tener opciones que se indican con un #|
(hash pipe) y siguen la sintaxis del YAML.
```{r}
#| label: fig-ejemplo-chunk
#| fig-cap: "Descripción de la figura. Note el prefijo generado automáticamente"
#| fig-dpi: 300
#| output-location: column-fragment
#| code-line-numbers: "|1|2-8|2|3-4"
library(ggplot2)
iris |>
ggplot2::ggplot(
ggplot2::aes(x = Petal.Length, y = Petal.Width)
) +
ggplot2::geom_point(
ggplot2::aes(color = Species, shape = Species)
) +
ggplot2::geom_smooth(
formula = y ~ x, method = "loess"
) +
ggplot2::theme_classic()
```
Hay una gran variedad de opciones disponibles para personalizar la salida del código ejecutado. Todas estas opciones se pueden especificar globalmente (YAML) o por bloque de código.
Las opciones disponibles para personalizar la salida incluyen:
Opción | Descripción |
---|---|
eval |
Evalúa el fragmento de código (si es false , sólo muestra el código en la salida). |
echo |
Incluye el código fuente en la salida. |
output |
Incluye los resultados de ejecutar el código en la salida (true , false , o asis para indicar que la salida es markdown crudo) |
warning |
Incluye advertencias en la salida. |
error |
Incluye errores en la salida (esto implica que los errores de ejecución de código no detendrán el procesamiento del documento). |
include |
Captura general para evitar que se incluya cualquier salida (código o resultados). Por ejemplo, include: false suprime toda la salida del bloque de código. |
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