Investigación Reproducible con Quarto

XII Congreso Colombiano de Botánica

Álex Espinosa Correa

Universidad de Antioquia

Quienes somos

Álex

Biólogo (UdeA)
Candidato a Doctor en Biología (UdeA)
Aerobiología y botánica
Ciencia abierta y reproducible
Ciencia de datos
@alexespinosaco@mstdn.social

Antes de comenzar

Asumimos

Poco o nulo conocimiento en código (R)
Poco o nulo conocimiento en Markddown
Poco o nulo conocimiento en Quarto
Poco o nulo conocimiento en reproducibilidad

Enseñaremos

Elaboración de documentos reprodubcibles usando Quarto

Preparativos

Instalar R, versión 4.4.1 o posterior
Instalar RStudio, versión 2024.09.0+375 o posterior
Instalar Quarto, versión 1.5.57 o posterior
- Después de instalar Quarto, instalar TinyTeX
Instalar Git, versión 2.47.0 o posterior
Instalar GitHub Desktop
Instalar Zotero 7
Descargar los materiales (clonar el repositorio) del curso https://github.com/geobota/quarto-workshop.git
Instalar los paquetes de R necesarios

install.packages(
  c(
    "countdown", "ethnobotanyR", "flextable", "fontawesome", 
    "ggthemes", "gt", "here", "janitor", "palmerpenguins", 
    "readxl", "showtext", "sysfonts", "tidyverse", "visdat" 
  )
)

Estructura

Explicación
Actividad
Pausa

Durante las sesiones

= «Álex aprenda a explicar» o «necesito más tiempo»
= Complete la actividad.
Mano levantada = tengo una pregunta o tengo un problema.

Programación

Introducción al curso
Introducción a la Ciencia Abierta
Introducción a Quarto
Workflow
Git y GitHub
Introducción a R

¡Comencemos!